Pravo podjeljivanja doktorata priznato je Leopoldovom diplomom još davne godine 1669., ali zbog prilika u visokom školstvu i raznih otpora provedbi Leopoldova privilegija akademijama – pretečama Sveučilišta u Zagrebu, dodjela akademskih naslova nije bila moguća. Tek 1874., osnutkom Sveučilišta Franje Josipa I. u Zagrebu, u novim okvirima konačno je u cijelosti ostvaren sadržaj Leopoldove diplome. Od tada Sveučilište obavlja sve svoje funkcije uključujući i dodjelu doktorata. Ono je počelo je djelovati s tri svoja fakulteta: Bogoslovnim, Pravoslovnim i državoslovnim (Pravnim) te Mudroslovnim (Filozofskim). Na Bogoslovnom fakultetu stjecao se doktorat bogoslovlja, na Pravnom doktorat prava, a na Filozofskom fakultetu doktorat filozofije. Opći uvjet za pristupanje strogim ispitima na ta tri fakulteta bio je završen odgovarajući studij, što se dokazivalo apsolutorijem dotičnog fakulteta. Na Bogoslovnom i Pravnom doktorat se stjecao na temelju položenih strogih ispita, a na Filozofskom fakultetu kandidat je uz polaganje strogih ispita morao napisati znanstvenu raspravu (disertaciju).
Očekivalo se da će prvi kandidati za promociju biti u akademskoj godini 1877./1878. pa se na Sveučilišnom senatu već u prethodnoj akademskoj godini raspravljalo o svečanostima pri doktorskim promocijama te je zatražen odgovarajući materijal od sveučilišta u Beču, Budimpešti i Grazu. Na sjednici Senata 6. prosinca 1877. prihvaćen je postupak održavanja doktorske promocije koji se zasniva na tekstu (sponzije) što ga kandidat i promotor izgovaraju na latinskom jeziku.
Ubrzo nakon prihvaćanja postupka promocije rektor Konstantin Vojnović odredio je svečanu promociju prvih doktora. Uvjete za promociju na stupanj doktora prava imala su dva kandidata: Robert pl. Vernić-Turanjski i Franjo Slama, a na stupanj doktora bogoslovlja Aleksandar Šmit. Promocija je održana u nedjelju, 23. prosinca 1877. u velikoj dvorani tadašnje Jugoslavenske akademije znanosti i umjetnosti na Gornjem gradu jer Sveučilište, tada smješteno na Katarininom trgu, nije imao aulu. U povjerenstvu su uz rektora i dekane Pravnog i Bogoslovnog fakulteta, Jaromila Hanela i Josipa Stadlera, bili promotori Stjepan Spevec, Aleksandar Bresztyenszky i Antun Kržan. Promociji je osobno prisustvovao ban Ivan Mažuranić. Bio je to veliki događaj od nacionalnog značenja. Dan nakon promocije, 24. prosinca 1877., u Narodnim novinama tiskan je članak Prve promocije doktorah na hrvatskom sveučilištu.
Prva promocija na stupanj doktora filozofije održana je dvije i pol godine kasnije, 17. srpnja 1880. Prvi kandidat Filozofskog fakulteta bio je Gjuro Arnold (kasnije rektor Sveučilišta). Uz stroge ispite pozitivno je ocijenjena njegova znanstvena rasprava Etika i povijest. Riječ je o prvoj disertaciji našega sveučilišta. Uz rektora Franju Ivekovića u povjerenstvu su bili dekan Gjuro Pilar i promotor Lavoslav Geitler. Već sljedeće godine, 2. srpnja 1881., promoviran je prvi prirodoznanstvenik Mijo Kišpatić. Ovdje valja spomenuti i promocije sub auspiciis Regis. Pripale su kandidatima koji su cjelokupno školovanje i stroge ispite položili s najvišom ocjenom. Promovirani su u posebnoj proceduri pred kraljevskim zastupnikom primivši na dar zlatni doktorski prsten urešen briljantima. Bilo ih je ukupno četrnaest u razdoblju od 1897. do 1914. Dva rektora Sveučilišta, Ladislav Polić i Marko Kostrenčić, dobitnici su tog najvišeg priznanja.
Svi promovirani doktori upisivani su u posebne, za tu prigodu pripremljene upisne knjige, s temeljnim podatcima o kandidatu, fakultetu i povjerenstvu pred kojim je promoviran uz vlastiti potpis doktora. Od 1950. upisuje se i naslov disertacije, a stječe se akademski stupanj doktora znanosti određenog područja. Sve se te knjige uz propisanu dokumentaciju svakog promoviranog doktora čuvaju u Rektoratu Sveučilišta.
Do sada je ispisano trinaest knjiga s podatcima promoviranih doktora. Do 1950. ukupno je upisano 6.720 doktora, a zbog primjene novog zakona od 25. veljače 1950. uvedena je nova numeracija promoviranih doktora znanosti Sveučilišta s početnim brojem jedan. Valja naglasiti da je od 6.720 upisanih doktora samo njih 837 doktoriralo temeljem pisanog rada. Ostali su pravnici i teolozi s položenim rigorozom, te doktori sveukupne medicine nakon završenog Medicinskog fakulteta. Pregled svih knjiga dan je u prilogu. Zadnja, trinaesta knjiga završava s brojem 10.158. Sada je otvorena četrnaesta knjiga s početnim brojem 10.159. Bez obzira na razlike pri pravu na najviši akademski stupanj i promjene pri tom postupku tijekom 130 godina, možemo utvrditi da se u knjigama nalazi ukupno 16.878 imena doktora i doktora znanosti Sveučilišta u razdoblju od 1877. do 2008.
Stečeni doktorski naslov mogao se izgubiti zbog kaznene presude, plagijata ili ako disertacija nije samostalni rad kandidata. Iz knjiga je vidljivo da se doktorski naslov, iako rijetko, primarno oduzimao zbog počinjenih političkih delikata. Latinski jezik pri promocijama rabio se na Sveučilištu sve do 1950. Nakon odluka Senata od 21. siječnja i 28. veljače 1950. promocije su na hrvatskom jeziku, a uz originalnu diplomu na hrvatskom izdaje se i njen prijevod na latinski.
Treba naglasiti još jednu važnu pojedinost. Počasni doktori Sveučilišta u Zagrebu do 1969. upisani su u knjige s ostalim promoviranim doktorima. Da bi se naglasilo kako je riječ o naslovu doctor honoris causa, u knjizi je korišten veći prostor. Posebna knjiga počasnih doktora pripremljena je 1969. uz proslavu 300. obljetnice Sveučilišta. Na Sveučilištu u Zagrebu od 1913. do danas promoviran je ukupno 91 počasni doktor.