Odgovornost za sustav osiguravanja kvalitete Sveučilišta u Zagrebu u nadležnosti je Rektora i Senata, koji uz pomoć Odbora i Ureda za upravljanje kvalitetom nadziru uspostavu i provedbu sustava za osiguravanje kvalitete. Na provedbenoj razini sustavom za osiguravanje kvalitete upravlja prorektor zadužen za to područje. Za sustav osiguravanja kvalitete na sastavnicama odgovorni su dekan i vijeće sastavnice, a na provedbenoj razini sustavom upravlja povjerenstvo za upravljanje kvalitetom sastavnice.