Sveučilište u Zagrebu sudjeluje u radu više sveučilišnih mreža.
Sveučilišna mreža AUDEM osnovana je 1990. godine. Misija je mreže promoviranje razvoja demokratskih vrijednosti, civilnog društva i razumijevanja između različitih kultura kroz međunarodnu razmjenu među ustanovama visokog obrazovanja i pojedinaca povezanih s njima. Sveučilište u Zagrebu postalo je član Sveučilišne mreže AUDEM 2010. godine. AUDEM je početkom 2015. g. prestao s radom.
Sveučilišna agencija za frankofoniju osnovana je u Montrealu 1961. i okuplja više od 800 visokoobrazovnih i znanstvenih ustanova. Cilj je te multiraleralne organizacije podrška suradnji i solidarnosti sveučilišnim ustanovama koje djeluju na francuskom jeziku, kao i razvoj visokoga obrazovanja i znanstvenih istraživanja. U okviru agencije djeluju i regionalni uredi (za Hrvatsku je nadležan Regionalni ured za Srednju i Istočnu Europu u Bukureštu) koji provode planirane aktivnosti. Sveučilište u Zagrebu postalo je član AUF-a 2007. godine.
Srednjeeuropska inicijativa osnovana je 1989. kao međuvladin forum za političku, ekonomsku i kulturnu suradnju država članica, a danas u njezinu radu sudjeluje 18 zemalja. Unutar te inicijative osnovana je i mreža sveučilišta zemalja članica s ciljem promidžbe suradnje među sveučilištima i drugim visokoobrazovnim ustanovama srednje, istočne i južne Europe te pružanja podrške mobilnosti na sveučilišnoj razini. Mobilnost se promiče financiranjem združenih programa na doktorskoj i diplomskoj razini, ali i ljetnih škola, seminara i radionica.
CASEE (ICA Regional Network for Central and South Eastern Europe) je europska mreža sveučilišta osnovana u Beču 2010. godine. Osnivačko tijelo CASEE čini 30 sveučilišta središnje i jugoistočne Europe koja su svojim djelovanjem, između ostaloga, vezana i uz poljoprivredu, hranu, biotehnologiju, prirodne resurse, ruralni razvoj i okoliš, s ciljem jačanja kapaciteta i razvijanja suradnje u obrazovanju i znanosti. Fakulteti Sveučilišta koji sudjeluju u redu mreže su: Agronomski, Prehrambeno-biotehnološki I Šumarski fakultet.
Podunavska rektorska konferencija osnovana je 1983. u Beču, a danas u njezinu radu sudjeluje pedesetak visokoobrazovnih ustanova iz 13 zemalja. Aktivnosti mreže usmjerene su prema poboljšanju kvalitete visokoga obrazovanja, poticanju mobilnosti te promidžbi multilateralne suradnje u regiji. Mreža također služi i kao poveznica između visokoobrazovnih i gospodarskih ustanova te se posebno zalaže za transfer znanja.
EAN je udruženje sveučilišta, privatnih osoba i drugih organizacija koji dijele zajednički interes za promicanje pravednosti, različitosti i inkluzije u visokom obrazovanju. Pokrenut je 1991. godine uz pomoć iz EU. Jedino je neprofitno udruženje sa sjedištem u Europi s posebnim fokusom na proširenje pristupa visokom obrazovanju nedovoljno zastupljenim skupinama ili skupinama koje su nepovoljnom položaju. Sveučilište u Zagrebu postalo je član EAN-a 2011. godine, a pojedine su sastavnice uključene u rad EAN-a od 2002.
EPUF je mreža koja obuhvaća više od 100 euro-mediteranskih visokoobrazovnih i istraživačkih ustanova. Osnovana je 2006. godine u Tampereu u Finskoj. Cilj je mreže stvaranje održivog visokoobrazovnog prostora u EuroMed regiji. Pridonosi promicanju društva znanja, potiče suradnju i dijalog između obrazovnih ustanova i kulturne tradicije regije te promiče održivi razvoj znanstvene i tehnološke razmjene. Sveučilište u Zagrebu član je mreže EPUF od 2010. godine.
Europsko udruženje sveučilišta predstavlja i podupire visokoobrazovne ustanove u 46 zemalja pružajući im mogućnost suradnje i sudjelovanja u svim aktualnim događanjima vezanim uz politiku visokoga obrazovanja i znanstvenoga istraživanja. Ta udruga ima ključnu ulogu u oblikovanju europskoga sustava visokog obrazovanja i istraživanja zahvaljujući svojoj uključenosti u pitanja vezana uz Bolonjski proces, doprinos oblikovanju znanstvene politike u Europskoj uniji, kao i suradnji s međuvladinim organizacijama.
Međunarodno udruženje sveučilišta osnovano je 1950. g. od UNESCO-a i danas broji članove, visoko-obrazovne institucije i druge organizacije, iz više od 120 zemalja širom svijeta. Udruga posebni značaj pridaje društvenoj važnosti i djelovanju sveučilišta i drugih visoko-obrazovnih institucija kroz istraživački rad i nastavne aktivnosti.
Međusveučilišni centar Dubrovnik neovisna je međunarodna ustanova osnovana 1971. i osmišljena kao mjesto razmjene ideja znanstvenika i studenata. Centar djeluje u zgradi Poslijediplomskoga središta Dubrovnik Sveučilišta u Zagrebu te organizira razna događanja, nastavu u okviru poslijediplomskih studija, konferencije i seminare posvećene raznim disciplinama i pitanjima visokoga obrazovanja.
Rektorska konferencija sveučilišta Alpe-Jadran djeluje od 1979. godine te okuplja rektore i predsjednike sveučilišta i visokoškolskih ustanova s cijeloga područja Radne zajednice Alpe-Jadran. Cilj je ove rektorske konferencije suradnja između sveučilišta i visokoškolskih ustanova te korištenje brojnih mogućnosti za znanstvenu i umjetničku suradnju. Teme koje imaju kulturnu, gospodarsku, odnosno političku ili općeznanstvenu važnosti obrađuju se na simpozijima ili u obliku znanstvenoistraživačkih projekata.
SEFI najveća je europska mreža visokoškolskih ustanova i pojedinaca koji se bave područjem inženjerstva osnovana 1973. Cilj je mreže pridonijeti razvoju i poboljšanju obrazovanja inženjera u Europi, kao i poboljšati položaj inženjera u društvu. Ona također djeluje kao europski forum čije su ideje na raspolaganju europskim ustanovama, akademskome osoblju, studentima i industriji. Mreža svoje aktivnosti provodi kroz više tematskih radnih skupina.
Tethys je konzorcij tridesetak mediteranskih sveučilišta ujedinjenih s ciljem razmjene znanja i iskustava u euro-mediteranskom bazenu. Cilj je konzorcija je proširiti se na cijeli euro-mediteranski prostor i razvijati duh multirateralne suradnje i "međusobnog obogaćivanja".
UNICA je mreža od 40 sveučilišta iz glavnih gradova Europe čija je uloga promoviranje akademske izvrsnosti, integracije i suradnje među članicama diljem Europe. Također nastoji biti pokretačem razvoja Bolonjskog procesa te olakšati integraciju sveučilišta iz srednje i istočne Europe u europski visokoobrazovni prostor. Mreža svoje aktivnosti provodi kroz više tematskih radnih skupina.